À l'université de Neuchâtel, la pratique de l'histoire s'exerce avec un constant souci d'excellence scientifique. La recherche constitue l’un des points forts de l’Institut, comme en témoignent les nombreux projets financés par des institutions extérieures, suisses ou européennes. 

Riche de quatre unités (histoire médiévale, histoire moderne, histoire contemporaine et CLAM), l'Institut d'histoire offre la possibilité d'étudier le passé dans ses dimensions les plus variées (politiques, sociales, culturelles, religieuses, etc.), en privilégiant quatre axes thématiques qui transcendent les frontières chronologiques : 1. Matérialités, techniques, environnement ; 2. Anthropologie historique des sociétés ; 3. Migration, frontières, identités ; 4. Rapports sociaux de genre.

L’Institut forme non seulement les étudiant-e-s à la lecture d'une grande variété de sources (documents écrits, sources iconographiques et audio-visuelles, vestiges matériels), mais aussi à la réflexion sur leur propre pratique historique. Les cursus proposés  articulent formation à la recherche et à l'enseignement, ainsi qu'à la transmission des savoirs (public history). Les liens étroits tissés avec les instituts d'archéologie et d'histoire de l'art et la Maison d’Analyse des Processus Sociaux permettent de renforcer le dialogue entre les différentes disciplines autour de l'étude du passé.